看起来主要是 /usr/share/icons/Yaru/scalable/emblems/ 下。不过我在用 Gnome，主题是 Yaru。目录名的 Yaru 也有可能需要改成你自己的主题目录。
测试了一下，在其中创建 test.svg，并且运行 sudo gtk-update-icon-cache -f /usr/share/icons/Yaru 之后，能正常显示（倒数第二行中间）。
顺带一提，我是先把光标移到某个徽标上，看看它的名字（比如叫 “app-installed-symbolic”）。然后运行 find /usr/share -name "app-installed-symbolic.*" 看输出的路径。