您的 GNOME 有设置显示缩放吗？感觉有可能是 XWayland 的缩放设置不正确。包括您的另一个问题：
应该都是因为，虽然您的桌面环境（GNOME）使用的是 Wayland，但微信、向日葵等软件并不支持 Wayland，而是借助 XWayland 运行的。但是，XWayland 的缩放设置有误，因此使用 XWayland 的软件会出现显示异常。
或许您可以这样试一下：先把 GNOME 的显示缩放调整为 100%（即关闭缩放），再将分辨率调低，看看是否还会出现这些问题。
您可以考虑参考一下本文：